無菌室應(yīng)保持清潔。禁止堆放雜物，防止污染。嚴(yán)格防止所有滅菌設(shè)備和介質(zhì)被污染，被污染者應(yīng)停止使用。無菌室應(yīng)配備工作濃度的消毒劑，如5％甲酚溶液、70％酒精、0.1％奈潔拉明溶液等。無菌室應(yīng)定期用適當(dāng)?shù)南緞┻M(jìn)行消毒和清潔，確保無菌室的潔凈度符合要求。

所有需要帶入無菌室使用的儀器、器械、盤子等物品都應(yīng)嚴(yán)實(shí)包裝，并采用適當(dāng)?shù)姆椒ㄏ?。使用無菌室前，需要打開紫外線燈對無菌室進(jìn)行30分鐘以上的消毒，同時需要打開超凈臺進(jìn)行吹氣。操作后應(yīng)及時清理無菌室，再用紫外線燈照射消毒20分鐘。檢驗(yàn)前應(yīng)保持被試產(chǎn)品外包裝完好，不得打開，以防污染。檢查前，用含70％酒精的棉球外表面消毒。

每次操作時，應(yīng)進(jìn)行陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。吸菌液時，要吸耳球，不要用嘴直接接觸吸管。接種針每次使用前后需要用火焰消毒，待培養(yǎng)液冷卻后可進(jìn)行接種。含有菌液的吸管、試管、培養(yǎng)皿等器具應(yīng)浸泡在含有5％來蘇水的消毒桶中消毒，24小時后取出沖洗。如果有任何細(xì)菌溶液灑在桌子或地面上，應(yīng)立即用5％碳酸鹽溶液或3％來蘇水在污染區(qū)域翻轉(zhuǎn)至少30分鐘，然后處理。當(dāng)工作服和工作帽被細(xì)菌污染時，應(yīng)立即脫下，用高壓蒸汽滅菌并清洗。所有帶有活菌的物品都需要消毒后才可在水龍頭下清洗。禁止污染下水道。

無菌室應(yīng)每月檢查菌落數(shù)量。分別放置于工作位置等處，暴露后用蓋打開30分鐘，將樣品倒置置于30~35℃培養(yǎng)箱中培養(yǎng)48小時后取出檢查。100級潔凈區(qū)平板雜菌平均數(shù)不得超過1菌落，10000級潔凈室雜菌平均數(shù)不得超過3菌落。如超過限制，應(yīng)對無菌室進(jìn)行消毒，直至反復(fù)檢查符合要求。

無菌室空氣凈化工程是生物凈化工程的一種，一般無菌室潔凈度要求為萬級，標(biāo)準(zhǔn)的微生物檢測實(shí)驗(yàn)室會專門開辟5~8平方的無菌室建造，無菌室只要足夠放置實(shí)驗(yàn)室樣品和必要的設(shè)備，面積就不會太大而造成浪費(fèi)，面積過大的無菌室空氣凈化工程不僅要提高施工成本，未來的運(yùn)行維護(hù)成本也會高得驚人。一般微生物檢測按照實(shí)驗(yàn)室行業(yè)的要求需要在無菌室中進(jìn)行，很多食品中的細(xì)菌、微生物等，都是在超凈工作臺中完成檢測和測定的。

隨著社會科學(xué)技術(shù)的發(fā)展，國家對食品安全問題越來越重視，無菌室空氣凈化工程也不斷普及。配合無菌室凈化工程，在無菌室內(nèi)放置超凈臺進(jìn)行操作，使實(shí)驗(yàn)環(huán)境更清潔，實(shí)驗(yàn)樣品不易被污染。